Pregovori između Atalante, Marija Pašalića i njegovih zastupnika Marka Naletilića i Zvone Bljajića trajali su gotovo godinu dana, dok su se u medijima pojavila nagađanja jer je istjecao ugovor, a novi dogovor nije bio potvrđen. Iako su ga kontaktirali brojni klubovi, uključujući i one iz Saudijske Arabije s financijski bogatijim ponudama, Pašalić je odbio sve opcije i odlučio ostati u Atalanti, klubu prema kojem gaji poseban emotivan odnos. Dodatni plus bio je i dolazak hrvatskog trenera Ivana Jurića.
Pašalić je stasao u Hajduku iz kojeg je otišao u Chelsea 2014. godine, a nakon posudbi u Elcheu, Monacu, Milanu i Spartaku stigao je u Atalantu 2018., prvo na posudbu, a potom za 14,5 milijuna eura. Dosad je za klub odigrao 298 utakmica, zabio 59 golova i upisao 40 asistencija.